Uzun süren, acımasız bir savaşın ardından dünya, uzaylı Illuminus İmparatorluğu tarafından fethedildi. Dünya filosunda bir kaptan olan Harlock, Illuminus'un onu kullanmasını engellemek için gemisini düşürür ve onlara katılmayı kesinlikle reddeder. Müttefikleri Tochiro, uzay korsanı Emereldas ve sevgilisi Miya'nın yardımıyla Illumidus'a karşı özel ve amansız bir savaş başlatır.
